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Le niveau Doctorat est accessible aux étudiants titulaires d’un Master et aux étudiants internationaux à niveau de diplôme équivalent.

La formation doctorale conduit, après la rédaction d’une thèse et sa soutenance devant un jury, au grade de docteur de l’Université Bourgogne Franche - Comté.

Les doctorants participent, sous la direction d’un Directeur de Thèse, à l’activité scientifique de l'unité de recherche à laquelle ils sont rattachés de droit.